小麦全蚀病菌主要以菌丝体在土壤中的病残组织内、种子、及未腐熟的带菌肥料中越夏或越冬，成为当年或次年的初侵染源。小麦全蚀病菌为土壤寄居菌，生活力强，在土壤中存活年限从1—2年至3—5年不等。小麦全蚀病病害主要靠含有病根残茬的土壤以及混杂有病根、病茎、病叶鞘等残体的粪肥、种子三种途径传播。 根据小麦全蚀病的传播规律及多年防病实践，要防止和控制小麦全蚀病的发生和为害，必须做到保护无病区，封锁零星病区，控制重病区为害。 1、加强检疫：主要是做好普查工作，严格检疫制度，严禁从病区调运进种，以达到保护无病区的目的。 2、合理轮作：重病区轮作倒茬可控制全蚀病危害，零星病区轮作可延缓病害扩展蔓延。轮作应因地制宜，坚持1—2年与非寄主作物轮作一次，如花生、烟草、大豆、棉花、蔬菜、绿肥、水稻等。 3、深翻倒土，合理施肥：对新病田，增施有机肥，提高土壤中有机质含量能明显减轻发病；施用磷肥能促进植物根系发育，可减轻发病，减少白穗，保产作用明显。 对重病地块，要实行深翻颠倒土层，同时增施腐熟有机底肥和磷肥，合理施用氮肥。无机肥施用应注意氮、磷、钾的配比，能促进小麦根系发育，增强植株抗病力。不用病残物沤肥。 4、药剂防治： 一是土壤处理，播前可使用70％甲基托布津每亩