菠菜生长期内主要的虫害是黄跳甲，可以使用辛硫磷来防治，在采摘前10～15天不能使用。
主要的病害有霜霉病、炭疽病和病毒病，可以使用50%的福美双和代森锌来防治，病毒病在发病初期喷施20%病毒A500倍液，或1.5%植病灵乳剂1000倍液。